César Ruiz se ha dedicado al estudio de los derechos humanos desde los inicios de su carrera bajo la tutela del Dr. Eduardo Ferrer Macgregor. Posteriormente, como asesor de la Suprema Corte de Justicia de la Nación durante la Presidencia del Minstro Guillermo I. Ortiz Mayagoitia, coadyuvó en la elaboración de proyectos en defensa de la vida y la dignidad humana.

Su línea de investigación doctoral se enfoca en los derechos humanos aplicados al ámbito fiscal; producto de la cual ha coordinado dos libros al respecto y publicado participaciones en México, Austria y los Países Bajos.